محمد حیدری در دوم دی‌ماه ۱۳۱۶ در تهران متولد شد. وی در ۱۳سالگی مقدمات نوازندگی سنتور را از ابوالحسن صبا فراگرفت. مدتی نیز از تجربیات عبدالله دوامی و محمد ایرانی مجرد بهره برد. از سال ۱۳۳۴ به مدت یک سال با ارکستر شماره یک هنرهای زیبا به سرپرستی ابوالحسن صبا همکاری داشت و از ۱۳۳۶ با گروه دیگری در ادارهٔ هنرهای زیبا به سرپرستی نصرت‌الله گلپایگانی وارد همکاری هنری شد و از همین دوران تا سال ۱۳۵۷ برنامه‌های متعددی در داخل و خارج کشور اجرا کرد.

در کتاب موسیقی‌دانان ایرانی نوشتهٔ پژمان اکبرزاده آمده‌است: «محمد حیدری از سال ۱۳۴۰ به تدریس در هنرستان موسیقی ملی و کلاس‌های شبانهٔ هنرستان اشتغال داشت. وی توانست شاگردان چیره‌دستی را به موسیقی ایرانی معرفی کند. او سرپرستی «گروه نوازندگان» را نیز عهده‌دار بود و همراه با نوازندگان و خوانندگان مختلف، برنامه‌هایی را نیز در رادیو به اجرا درآورد. اسماعیل واثقی، که از شاگردان حیدری بوده‌است، و اکنون یکی از نوازندگان برجستهٔ سنتور است، در مورد استاد خود چنین می‌گوید: «سنتور ایران به حیدری بدهکار است.»

محمد حیدری پس از انقلاب ۱۳۵۷ ابتدا به ایتالیا و سپس به آمریکا کوچ کرد و فعالیت هنری خود را در زمینه‌های ساخت ترانه، تدریس و نوازندگی سنتور در جنوب کالیفرنیا ادامه داد.

محمد حیدری در ۳ شهریور ۱۳۹۵ در جنوب کالیفرنیا و در سن ۷۸ سالگی درگذشت.